Республиканская детская клиническая больница является ведущим лечебно-профилактическим учреждением Республики Башкортостан по оказанию высококвалифицированной специализированной стационарной и консультативной медицинской помощи детям, организационно-методическим центром педиатрической службы, базой для подготовки медицинских кадров в области охраны здоровья ребенка. В составе больницы: консультативная поликлиника и 23 клинических отделений на 735 коек, единый для них диагностический комплекс включает 20 лечебно-вспомогательных служб. На базе больницы функционируют 19 республиканских детских специализированных медицинских центров, в том числе республиканский неонатальный центр. Широко применяются высокие технологии: проводится трансплантация почек, внедрены все виды эндохирургических операций у детей, кохлеарная имплантация. Больница имеет лицензию на 105 видов медицинской деятельности. Ежегодно в стационарных отделениях получают лечение более 15 тысяч детей из городов и районов республики, проводятся более 4 тысяч операций.